Existe essa possibilidade. A colônia é extremamente resistente.
Conheci uma pessoa que guarda a sua cultura numa vasilha de barro, de mais ou menos uns 30 cm de diâmetro e com altura de uns 10 cm. A cultura permanece lá durante meses, até que ela utiliza para uma fermentação. A cultura logicamente fica enorme, muito ácida porque não é renovado constantemente o seu alimento (chá e açúcar). É surpreendente que assim a colônia sobreviva, mas é um fato. Fica com a parte de cima ressecada, coberta somente por um pano solto, sem amarrar. Mas está lá, forte, apta. Acredito que para se fazer uma nova fermentação seja retirada uma parte mais úmida da bebida, talvez a parte de baixo ou do meio.
Existem também uma técnica conhecida como Fermentação Contínua que utiliza semelhante procedimento. Já li que é um método de fermentação praticado em algumas regiões do oriente. Não me recordo onde li a respeito, mas o relato fala que em algumas regiões é cultivado numa enorme panela de barro, com capacidade para mais de 50 litros. A princípio a panela é cheia com chá bem doce e é colocada uma pequena colônia de Kombucha. Após alguns dias inicia-se o ritual diário de retirada um ou mais litros da bebida pronta. O volume retirado é reposto com chá doce. Assim cria-se um processo contínuo de fermentação e há a possibilidade de manutenção da colônia em plena regeneração e vitalidade. A colônia vai crescendo com o passar das semanas, talvez meses, até tomar totalmente o espaço da panela com o seu volume. Antes que isso ocorra é retirada uma parte ou a mesmo a totalidade da cultura. Não me lembro com certeza, mas acho que somente nessas ocasiões a panela é lavada. Pessoalmente tentei esse processo com um volume bem menor, mas achei que a bebida estava ficando muito ácida. Será que um 'pote' tão grande e por ser de barro traria características diferentes, singulares à fermentação? É o que parece. Também interessante é o fato de não precisar de geladeira o que permitiu e ainda permite o cultivo nas mais diversas regiões, em diversas épocas.
Você está colocando as colônias em um pote com a boca tampada com um pano e amarrado, não? Isso pode ser um fator determinante. Será que guardando as colônias em um pote lacrado, sem ar, seria diferente o tempo da fermentação, a espessura da colônia formada (a super)?
Esse pode ser o tema de um novo tópico, seria interessante se alguém tentasse: Fermentação Contínua.